Poniendo a prueba a las pruebas genéticas

Publicado 12/10/2009 12:07


Craig Venter y sus colegas comparan los tests genéticos destinados a los consumidores y sugieren modos de hacer que sean más útiles.

El genetista Craig Venter y sus colegas han puesto a prueba dos de los principales servicios genómicos para consumidores, declarando que la industria de reciente creación es prometedora pero que aún está en una fase muy inicial en términos de la utilidad de la información que proporciona.

Venter, fundador del Instituto J. Craig Venter en San Diego, California, y sus colaboradores del instituto y del Instituto de Ciencia Translacional Scripps de La Jolla, también en California, enviaron la saliva de cinco individuos—no han hecho público quiénes son—a 23andme y Navigenics, dos de las mayores compañías online de pruebas de ADN y ambas basadas en el área de la Bahía de San Francisco. En equipo de Venter analizó y comparó los resultados para ver si los sitios proporcionaban información consistente.

El equipo comparó los cinco grupos de resultados de ADN ante el riesgo de desarrollar 13 enfermedades, incluyendo el cáncer de colon, el lupus, la diabetes de tipo 2 y el síndrome de piernas inquietas.

Los resultados están publicados con fecha de hoy en un comentario de la revista Nature, junto a unas sugerencias acerca de cómo mejorar las pruebas genéticas como producto dirigido directamente al consumidor.

El grupo de Venter encontró que los datos en crudo de la secuenciación genética que proporcionaron cada una de las compañías era consistente casi a un 100 por cien. Es decir, de entre los 500.000 a 1.000.000 de marcadores genéticos que se testaron en cada persona, las As, Cs, Ts y las Gs eran casi exactamente las mismas.

El modo en que los sitios de tests genéticos interpretaban los datos era menos consistente. Cada uno de ellos utilizó estudios pertenecientes a la literatura científica que con anterioridad han llevado a cabo escaneados entre poblaciones humanas de marcadores de ADN asociados con factores de riesgo para poder predecir si una persona acabará falleciendo debido a una enfermedad en particular. Una persona puede tener, por así decirlo, un 30 por ciento de incremento de riesgo para la diabetes de tipo 2 si posee una versión particular del marcador genético relevante.

Para las siete enfermedades analizadas por los investigadores, sólo alrededor de la mitad de los factores de riesgo provistos por 23andme y Navigenics estaban de acuerdo en los cinco pacientes. Por ejemplo, para el lupus y la diabetes de tipo 2, tres de los cinco sujetos recibieron resultados que entraban en conflicto entre sí.

Tratando de ir un poco más lejos, los investigadores descubrieron que algunos de los factores de riesgo individuales eran sorprendentemente distintos. Para la psoriasis, 23andme reportó un factor de riesgo de 4.02 (cuatro veces mayor) para un individuo, mientras que Navigenics reportó sólo un 1,25 (un 25 por ciento mayor), una diferencia tres veces menor.

Durante mis propios experimentos, comparé los resultados entregados por varias páginas webs de pruebas genéticas: 23andme y Navigenics, así como deCodeme, con sede en Islandia. Los resultados relativos a un posible ataque al corazón produjeron tres niveles de riesgo generalmente distintos—un nivel alto según Navigenics, medio según 23andme, y bajo según deCodeme. Para otras enfermedades como la diabetes y la degeneración macular las contradicciones eran menos notorias.

Las diferencias están provocadas por dos razones principales: de debe a que las distintas compañías a veces utilizan distintos marcadores, así como combinaciones de marcadores, para determinar el riesgo general de contraer una enfermedad, y también a que los algoritmos que utilizan los sitios difieren en cuanto al peso que le dan a los distintos factores de riesgo para los distintos marcadores genéticos.

El estudio de Venter señala que, en algunos casos, las compañías definen de forma distinta el riesgo de enfermedad medio de la población. “Navigenics hace una diferencia entre el riesgo de enfermedad entre hombres  y mujeres (por ejemplo, los hombres tienen más tendencia a sufrir un ataque al corazón que las mujeres), mientras que 23andMe principalmente tiene en cuenta la edad (por ejemplo, la incidencia de artritis reumatoide aumenta con la edad),” señalan los autores en su estudio. “Esta ambigüedad en la definición de la ‘población’ subraya la precaución que hay que tener a la hora de interpretar los resultados de riesgo absoluto.”

El estudio de Venter ofrece varias recomendaciones a las compañías dedicadas a las pruebas genéticas directas al consumidor. Entre ellas se incluye un mayor enfoque en las variaciones genéticas que tengan un alto impacto en el riesgo de enfermedad y una petición para utilizar más marcadores que provean información relativa a los factores de riesgo que provoque la toma de medicamentos, tales como el anticoagulante warfarin o las estatinas para bajar el colesterol. (23andMe sí que provee un marcador capaz de indicar el riesgo de efectos secundarios que provoca el warfarin.) Los investigadores también sugieren que los sitios expliquen mejor cómo encajan sus marcadores en el impacto general de los genes en una enfermedad (por ejemplo, si un determinado marcador representa un 5 por ciento, un 20 por ciento o un 100 por ciento del impacto genético en una enfermedad).

Entre las recomendaciones a la comunidad genética se incluye la realización de estudios clínicos para validar los marcadores genéticos de las enfermedades y los rasgos de comportamiento de los pacientes reales a los que se les haga un seguimiento a lo largo del tiempo, así como una mayor atención a otras etnias distintas a la raza blanca.

Anne Wojcicki, cofundadora de 23andme, y David Agus, cofundador de Navigenics, coinciden con las recomendaciones. “Hay una clara necesidad de transparencia y calidad en los estudios de asociación genética,” afirma Agus. “Estamos proporcionando información crítica a los individuos para así ayudarlos con su salud personal. Esa información tiene que ser correcta, o de lo contrario no habremos dado un buen servicio.”

“Tenemos planes para colaborar con 23andme y codesarrollar estándares de aplicación en nuestro campo,” añade Agus. Este es un esfuerzo voluntario que a fecha de hoy no se ha cumplido. El responsable de política de relaciones y ciencia de 23andme, Andro Hsu, afirma que quizá exista la necesidad de utilizar una tercera parte neutral que cree los estándares—sugiere que sea el Centro para el Control de Enfermedades. Otros afirman que debe ser la Administración de Alimentos y Medicamentos, o incluso en Instituto Nacional de Estándares y Tecnología.

Lo que Venter y compañía no mencionaron es la palabra “regulación”—que de alguna manera se dará en la industria para que la información acabe siendo precisa y consistente. El comentario de Nature tampoco solicita un esfuerzo decidido y detallado por validar los tests genéticos mediante la ejecución de estudios clínicos para determinar cuáles de entre todos los marcadores realmente sirven para predecir una enfermedad—un proyecto que quizá sea necesario para acelerar la llegada del día en que estos tests se conviertan en algo de mayor utilidad médica para los individuos.

Sin embargo, Venter sugiere que la tecnología de secuenciación de ADN más reciente está produciendo rápidamente una alternativo más precisa y compleja frente a los marcadores de ADN individuales que utilizan estas compañías. Sólo durante los últimos meses, la capacidad de los científicos para secuenciar seis mil millones de nucleótidas en el genoma de una persona ha pasado a ser lo suficientemente asequible como para que próximamente reemplace a los tests que utilizan actualmente las compañías de pruebas genéticas. Los tests actuales escanean el genoma de una persona hasta llegar como máximo a un millón de marcadores, cubriendo la mayoría de las variaciones genéticas asociadas con enfermedades humanas, aunque están lejos de lograr cubrir todas las variaciones.

Hace sólo dos años secuenciar un genoma entero costaba 1 millón de dólares; hoy día el precio está bajando rápidamente hasta por debajo de los 50.000 dólares, y puede que alcance los 5.000 el año próximo.

“Una vez que poseamos al menos 10.000 genomas humanos y el fenotipo completo [los perfiles de las enfermedades] con estos genomas, seremos capaces de hacer correlaciones que son imposibles de llevar a cabo en la actualidad,” afirma Venter. “En ese momento, las pruebas genéticas se convertirán en una buena inversión para las compañías privadas y el gobierno.”

 

Fuente:

Technology Review

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