Un momento decisivo para los genomas personales

Publicado 25/09/2009 08:58


Finalmente, los científicos están empezando a encontrar información médica de valor.

El año pasado, cuando más de 100 de los mejores genetistas, tecnólogos y médicos mundiales se reunieron en el Laboratorio Cold Spring Harbor de Nueva York para la primera conferencia anual sobre Genomas Personales, el foco principal fue el genoma de James Watson. El codescubridor de la estructura del ADN fue el primero en hacer que su genoma fuese secuenciado y publicado (al margen de Craig Venter, que utilizó su propio ADN para el sector privado del proyecto del genoma humano.) Watson tomó asiento en la primera fila de la sala de conferencias mientras que los científicos presentaban sus análisis del genoma. Pusieron especial atención al número de variaciones de una sola letra o las pequeñas inserciones y borrados en su ADN—pistas para averiguar si poseía una variación genética que aumentase ligeramente su riesgo de padecer enfermedades del corazón o cáncer. Sin embargo, no se logró encontrar demasiada información útil en el genoma.

Todo eso ha cambiado. Durante el último año, en número de genomas secuenciados y publicados ha pasado de dos o tres a aproximadamente nueve, además de alrededor de 40 genomas que han sido secuenciados pero aún no publicados. “Aunque las cifras aún son pequeñas, estamos empezando a asociar este tipo de investigaciones dentro del contexto de las enfermedades reales, y estamos obteniendo resultados,” afirma Jay Shendure, genetista en la Universidad de Washington en Seattle, y ganador del TR35 en 2006.

El año pasado, la secuenciación de un genoma seguía siendo toda una hazaña, y gran parte de la conferencia se enfocó en los detalles técnicos—evaluar la precisión y las cuotas de error, y comparar un método con otro. Aunque estos problemas siguen siendo de gran importancia, la secuenciación de los genomas humanos se ha convertido en algo suficientemente rutinario como para generar información médica útil. “Ahora somos capaces de hacer cosas automáticamente, por lo que la biología empieza a hacer acto de presencia,” afirma Paul Flicek, bioinformático en el Instituto de Bioinformática Europeo y uno de los organizadores de la conferencia.

En unos pocos casos, los científicos ya han sido capaces de encontrar la causa genética de una enfermedad gracias a la secuenciación del genoma de la persona afectada. Shendure ha secuenciado la región de codificación—el 1 por ciento del genoma que dirige la producción de proteínas—de los genomas de un grupo de familias con niños afectados con una rara enfermedad hereditaria llamada Síndrome de Miller, que está vinculada a anormalidades en el rostro y las extremidades. Los investigadores recopilaron una lista de variaciones genéticas en cada persona y filtraron las que se habían encontrado de forma común en la gente sin la variación causante de la enfermedad. Después buscaron variaciones que sólo estaban presentes en los pacientes afectados, y hallaron un gen candidato. Shendure no quiso identificar el gen antes de publicar los descubrimientos, pero señaló que se trataba de un gen que no hubiesen podido predecir. Espera que la técnica también se pueda aplicar a enfermedades más comunes, quizá mediante el estudio de pacientes en los que se manifieste de forma más temprana o en casos extremos.

La secuenciación del genoma también ha engendrado un nuevo método de investigación contra el cáncer. El año pasado, Elaine Mardis y su equipo en la Escuela de Medicina de la Universidad de Washington en St. Louis secuenciaron los genomas completos de tejidos cancerígenos y normales en un paciente con leucemia mieloide aguda, logrando identificar 10 genes mutados que parecen ser parte responsable de este tipo de cáncer. Este año, su equipo ha secuenciado el genoma de cuatro tipos distintos de tejido a partir de un paciente con cáncer de pecho—el genoma normal, ADN del tumor primario, ADN de un tumor cerebral metastático (un tumor secundario formado a partir de células cancerígenas originarias del tumor de pecho), y ADN del tejido cancerígeno del paciente implantado en un ratón. (Puesto que el tejido cancerígeno que se extirpa al paciente durante la cirugía es a menudo inadecuado para la investigación genética, los científicos a veces cultivan tejidos formadores de tumores en ratones a partir de las células cancerígenas del paciente.)

Aunque la mayor parte de la secuencia será igual en las cuatro muestras, la identificación de las diferencias podría señalar los cambios genéticos que conducen a la formación inicial del tumor, así como aquellos que provocan la metástasis. Si los científicos son capaces de encontrar fármacos que bloqueen la expansión del tumor primario, el cáncer se podría convertir en una enfermedad crónica y controlable.

El equipo de Mardis ya ha identificado una serie de variaciones que son únicas tanto del tumor primario como del de la metástasis. También han encontrado algunas variaciones que aparecen en ambos, pero que son más comunes en el tejido metastásico, lo que sugiere que este tipo de mutación puede que ayude a la expansión de las células a lo largo del cuerpo. “Estamos centrándonos en los tumores cerebrales, de pulmón e hígado derivados del cáncer de pecho, para ver qué elementos comunes poseen estas enfermedades metastásicas,” afirma Mardis. Su centro tiene como objetivo secuenciar 150 genomas cancerígenos este año. El año que viene, esta cifra probablemente parezca pequeña.

Fuente:

Technology Review

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